Conocido en sus inicios como “Templo del Patriarca Sr. San José de los Indios Otomíes” aunque datos fidedignos sugieren una previa construcción de la Capilla de la Virgen del Rosario. Después de la segunda mitad del siglo XVII la construcción de este Templo ya se había avanzado lo suficiente como para albergar un amplio número de iconos e imágenes religiosas. Un documento del Archivo Histórico de Guanajuato, con fecha de 1710 sugiere que ya para el año de 1570 el Templo de San José había sido erigido.

En la segunda mitad del siglo XVIII tiene lugar la construcción de la fachada del templo y su torre a manos de los hábiles canteros de la ciudad de Guanajuato, misma que fue tomada como blanco de más de 200 balas de piedra y metal, arrojadas por los primitivos cañones utilizados en un hecho llamativo sucedido en el siglo XIX, durante la guerra de Independencia en 1813, fecha histórica en la que la ciudad de Irapuato fue sitiada y atacada por el guerrillero Albino García. Su planta es de cruz latina con tres entre ejes, sacristía y sotocoro, con una orientación de la fachada principal hacia el suroeste.

En el costado derecho se encuentra una capilla dedicada a la Virgen de Lourdes y del lado izquierdo el acceso al coro. La sacristía se localiza a un costado del altar mayor, compuesta por una gran bóveda. El crucero está coronado por una cúpula de tambor.